Aunque la madre de Llorente fue a dar a luz a una clínica pamplonesa donde trabajaba su hermana, creció en la localidad riojana de Rincón de Soto, ya que en buena medida su familia es riojana.[6] [7] Desde temprana edad, Fernando mostró buenas dotes para el fútbol. En su localidad, Rincón de Soto (La Rioja),[8] no había equipo infantil, por lo que comenzó jugando en el Funes, en Navarra. Poco después pasó a formar parte de las categorías inferiores del River Ebro, el club de su pueblo, donde estuvo un año y medio.[9] En 1996, José María Amorrortu, ex técnico y jugador del Athletic Club le propuso ir al Athletic. Su familia tenía también ofertas del F.C. Barcelona y del Espanyol, pero Amorrortu (con la ayuda de un tío de Fernando hincha del club bilbaíno) logró reclutarle.[1]  En su primera temporada, en el alevín de segundo, sólo jugaba las segundas partes de cada encuentro, ya que aún no entrenaba en Lezama, la cantera rojiblanca. Un año después, una familia próxima a la de Amorrortu acogió a la joven promesa en el barrio de Las Arenas, en Guecho.[1] [7] Con 14 años entró en la residencia para jóvenes jugadores del Athletic, en Derio.[1