Durante el siglo XVII y XVIII la ciudad dormita, llegando de manera pausada y sin sobresaltos al siglo XIX. Tas la Guerra de Independencia se convirtió en epicentro de las Guerras Carlistas. En el parque de Los Llanos es nombrado Comandante General Tomás Zumalacárregui. En 1839, detrás de la Basílica del Puy, son fusilados por el General Carlista Maroto, los generales reacios a firmar el pacto de Vergara. 

De 1872 a 1876 se produce la tercera Guerra Carlista, siendo Estella, tras su ocupación, capital de la Corte de Carlos VII. 

El siglo XX supone, tras la Guerra Civil el inicio de la prosperidad económica, sobre todo en la década de los sesenta, iniciando un proceso de cambio urbano si bién manteniendo su presencia claramente medieval.